Sekolah Menengah Pertama (SMP) Negeri 3 Gondangrejo mulai menerima murid angkatan pertama tahun 1996/1997 dan meluluskan angkatan pertama pada tahun ajaran 1998/1999.
SMP Negeri 3 Gondangrejo berlokasi di Desa Wonosari, wilayah timur dari Kecamatan Gondangrejo yang berbatasan dengan Desa Jeruksawit (bagian selatan), Desa Sidokerto (Kecamatan Plupuh Kab Sragen, di bagian utara dan Desa Kragan (bagian timur).
Ketika berdirinya SMP Negeri 3 Gondangrejo berada di lokasi yang tidak mudah dijangkau dari Kab. Karanganyar. Pada Tahun 1999 jika dari SMP Negeri 3 Gondangrejo ke Kantor Dinas Pendidikan Karanganyar kurang lebih 35 km harus melewati Kota Solo. Ketika itu jika tidak ingin jalan memutar lewat Kota Solo, jika akan ke Kota Karanganyar bisa menggunakan perahu gethek untuk menyeberang Sungai Bengawan Solo. Moda transportasi umum yang ada ketika itu hanya ada angkuta jalur Plupuh-Mojosongo yang lewat setiap 45-60 menit sekali. Namun seiring berjalannya waktu pembangunan jalan pemerintah terus berlangsung sehingga akses jalan ke SMP Negeri 3 Gondangrejo kini semakin mudah. Telah dibangun Jalan Ringroad utara Mojosongo-Kebakkramat, Jembatan menyeberang Bengawan Solo yang menghubungkan antara Desa Kragan dan Desa Waru Kec Kebakkramat, bahkan rampungya pembangunan jalan Tol Solo-Kertosono, semakin mempermudah akses masuk ke SMP Negeri 3 Gondangrejo.