1. Perpustakaan
Perpustakaan di SMPN N 3 Gondangrejo memiliki beragam koleksi buku, baik buku siswa, buku bacaan, buku referensi, makalah, surat kabar dan seterusnya. Untuk fasilitas penunjang di perpustakaan terdiri dari komputer, ruang baca yang cukup luas , TV, VCD/ DVD Player.
2. Laboratorium IPA
Laboratorium IPA merupakan salah satu laboratorium untuk praktik siswa di SMPN N 3 Gondangrejo dengan ditunjang dengan prasarana yang cukup memadai, alat praktikum fisika yang lengkap, alat penunjang Fisika, beragam jenis alat praktikum biologi, dan alat penujang biologi.
3. Laboratorium Multimedia/komputer
Semakin berkembangnya teknologi informasi, maka para siswa SMPN N 3 Gondangrejo dituntut untuk mempelajari dan mengembangkan bakat diri dibidang multimedia, untuk itu SMPN N 3 Gondangrejo memiliki Laboratorium Multimedia sejumlah 40 unit yang terkoneksi dengan internet. dan digunakan untuk pembelajaran berbasis IT.
4. Kesenian
Wilayah karisidenan Surakarta identik dengan budayanya yang sangat kental, salah satunya adalah kesenian tradisional yaitu karawitan. SMPN N 3 Gondangrejo memiliki peralatan kesenian karawitan untuk praktik belajar kesenian karawitan. SMPN N 3 Gondangrejo juga menyediakan sarana dan prasarana untuk seni musik band agar siswa dapat mengembangkan bakat dibidang seni olah vokal.
5. Laboratorium Menjahit
Salah satu penunjang Keterampilan siswa maka deisediakan Ruang Keterampilan menjahit bagi siswa yang mempunya minat dan bakat di bidang Tata Busana.
6. Serba guna/ Aula
SMPN N 3 Gondangrejo memiliki ruang serba guna/ aula yang cukup luas dengan didukung sarana dan prasarana yang lengkap. Aula dapat digunakan untuk acara rapat, workshop, dan acara resmi lainnya.
7. Lapangan Olahraga Dan Lapangan Upacara
Di SMPN N 3 Gondangrejo memiliki Lapangan Olahraga dan Lapangan Upacara yang cukup luas dan nyaman, untuk Lapangan Olahraga antara lain basket, bola vollly, dan footsall.
8. Sarana Panggung dan Sound
Di SMPN N 3 Gondangrejo juga dilengkapi sarana panggung dan sound yang memadai, sehingga dapat digunakan untuk kegiatan pentas kreasi siswa, dan acara-acara outdoor lainnya.